CANDO

CanDo是一个有限元建模框架，由首尔国立大学的Do-Nyun Kim教授在麻省理工学院担任博士后研究员期间，于Prof. Mark Bathe的实验室发明并开发。最初，CanDo只能对使用caDNAno设计的蜂窝和方形晶格DNA组件进行建模，且与Hendrik Dietz教授（慕尼黑工业大学）的实验室合作发表相关成果，其实验对CanDo的预测进行了大量验证。随后，Keyao Pan博士在Bathe教授实验室做博士后时，基于Kim教授的工作，实现了使用Tiamat或CanDo文件格式进行无晶格建模，并与Hao Yan教授（亚利桑那州立大学）的实验室合作发表成果，同时还开发了从CanDo有限元建模预测生成原子结构以及使用布朗动力学模拟DNA组件长时间尺度动力学的功能。CanDo利用DNA的机械模型预测程序化DNA组件的三维溶液形状和灵活性，将相邻DNA双链连接起来的双链交叉基序纳入其中，以预测复杂的三维形状，其有限元模拟最初使用ADINA软件，2018年3月1日起，其在线服务器更换为达索系统公司的Abaqus软件。用户可以通过caDNAno、Tiamat或CanDo文件格式生成输入DNA拓扑结构来运行CanDo，既可以使用在线服务器，也可下载到本地计算机运行（需安装MATLAB、UCSF Chimera以及Abaqus或ADINA软件）。CanDo的开发得到了美国海军研究办公室、美国国家科学基金会、美国陆军研究办公室、韩国国家研究基金会等的资助，达索系统公司为CanDo在线网络服务器提供免费使用Abaqus有限元求解器的许可条款。使用CanDo进行科学研究时，建议用户引用相关主要和次要出版物，以对其发明者和开发者进行科学归因 。